Selles ametis oli ta kuni 1918. aastani.Viljandimaal Mursi suurtalus sündinud ja seal üleskasvanud Jaanil ei olnud see päris võõras tegevusala.

Valituna Tartumaa põllumehi juhtima, ei piirdunud Jaan Tõnisson mitte ainult majanduslikesse raskustesse sattunud seltsi päästmisega, vaid tema haare oli palju laiem ja tulevikku vaatavam. Ta tegi Tartu seltsist Eesti põllumeeste seltside keskuse, kust levisid algatused ja uued juhtmõtted üle maa.

Tõnissoni algatusel kutsuti Tartus kokku esimene põllutöö kongress, mis toimus 27.-29. Juunil 1899. aastal Vanemuise Seltsi ruumides. Päevakorras oli seltside edasise tegevuse kavandamise kõrval ka küsimus põllutöökooli asutamine, põllumeeste seltside keskorganisatsiooni asutamine ja tegevuse peasuunad. Kongress pidas vajalikuks ostu- ning müügiühistute asutamist.

Kuna Tõnisson rääkis põllutöö kongressil piimanduse tähtsusest Eesti põllumajanduse arengus, soovitas kongress eraldi punktina piimaühistute asutamist.

Põllumeeste keskorganisatsioon jäi aga loomata, kuna tsaarivõimudelt sellekohast luba ei saadud. Põllumeeste Keskliit sündis juba iseseisvas Eesti Vabariigis alles 1932. aastal, kui Jaan Tõnisson oli riigivanemaks.

1903. aastal toimus Tartus II põllumeeste kongress, kus räägiti juba kõvema häälega ühistegevusest, sest vahepeal oli Tõnissoni eestvedamisel sündinud Tartu Laenu- ja Hoiuühisus, mis alustas tegevust 22. juulil 1902. aastal. Tartu Eesti Põllumeeste Seltsi suuremaid aktsioone oli põllumajanduse ja käsitöö näituste korraldamine.

Esimene, Tõnissoni juhtimisel toimunud näitus toimus 1898. aastal. See kujunes tõsiseks võistlejaks seni domineerinud seal korraldatud saksa näitustele.

Varakult alustatud hea organiseerimistöö tulemusel tõusis külastajate arv senise tuhande asemel kümnete tuhandeteni, kusjuures rahvas tuli kokku üle Eesti, lisaks ka Lätist ja Peterburi kubermangu eesti asundustest.

Pikka aega kajastati Eesti põllumeeste tegevust Tõnissoni toimetatud Postimehes.

1906. aastal kutsuti Tartu Põllumeeste Seltsi kaubandusosakonna alalise asjaajana tööle kõrgema põllumajandusliku haridusega Aleksander Jakob Peeter Eisenschmidt, kelle esimesks ülesandeks oli Põllutöölehe käivitamine. Selle lehe esimene number ilmus juba 2. detsembril 1906. Eesti Põllumeeste Seltsi väljaandena.

1910. aastal hakkas selle igakuise lisana ilmuma Ühistegevusleht, mis alates teisest aastakäigust ilmus juba iseseisva väljaandena.

Põllutöölehe esimese numbri juhatas sisse toimetusepoolne juhtkiri, millele järgnes Jaan Tõnissoni artikkel „Eesti põllumeeste seltside lähematest kohustest praegusel ajal“, kus tema sõnum Eesti põllumeestele oli järgmine: „Põllutöö erikirjanduse loomine, rändavate õpetajate ehk instruktorite ametisseseadmine, kursuste alustamine, põllutöökoolide avamine – kõik see peab põllumeeste elavast isetegevusest algust võtma.“

Neid soovitusi hakati ellu viima juba 1908. aastal, kui üleriigilistesse taimekasvatusseltsidesse koondusid sordiparandajad, sooparandajad, seemnekasvatajad jt.

Iseseisvunud Eesti Vabariigi esimese valitsuse peaministri Jaan Tõnissoni ajal alustati radikaalset maareformi.